Tot atunci, odata cu multimea de credinciosi venind pentru harul parintelui Arsenie, a inceput si urmarirea informativa, pas cu pas , a monahului. Stampila de legionar, pusa fara temei de Eugen Cristescu, il va urmari toata viata.
Ortodoxia si ateismul comunist vor intra in conflict imediat dupa ce Regele Mihai abdica in 1947. Guvernul Dr. Petru Groza va incepe prigoana impotriva adevaratilor ortodocsi. Una dintre primele tinte ale ciumei rostii a fost parintele Arsenie Boca. Nici nu avea cum sa fie altfel avand in vedere ca el reprezenta cu adevarat un pericol pentru regim prin atitudinea sa profund crestina si prin puterea sa de a influenta poporul. Pretextul gasit de Securitate a fost preluat din dosarele Sigurantei: Zian Boca este legionar”. Calugarul a fost retinut pentru prima oara in 17 iulie 1945, dus in beciurile Securitatii din Bucuresti, unde a fost chinuit si schingiuit. Pentru ca nu au obtinut nicio marturisire compromitatoare de la el, au fost nevoiti sa-l elibereze in 30 iulie 1945. Insa mana lunga a Securitatii il va inhata din nou, pe 14 mai 1948, pentru banuiala de a-i fi ajutat cu hrana pe luptatorii anticomunisti din Muntii Fagaras. Il tin inchis o luna si jumatate, dar in cele din urma il elibereaza. In 1951, pe 10 ianuarie, Securitatea Sibiu ordona din nou arestarea parintelui Boca pentru 12 luni. De aceasta data motivele oficiale au fost: Susnumitul inainte de 23 august a facut parte din Miscarea Legionara. Dupa aceasta data, cu ocazia predicilor pe care le tinea in biserica a instigat populatia impotriva regimului democrat popular.” Astfel parintele Boca ajunge sa sape la canalul Dunare Marea Neagra. Odata ajuns printre nefericitii care, ca si el, erau supusi unui regim de munca silnica, parintele a facut totul pentru a-i ajuta pe ceilalti apeland chiar la resursele sale supranaturale.
Una dintre cele mai persistente legende despre parintele Arsenie este si aceea ca el ar fi prevestit, cu cateva luni inainte, revolutia romana si moartea Ceausestilor. Mai mult, o varianta a acestei legende sustine ca Ceausescu, informat despre faptul ca parintele era clarvazator, l-ar fi chemat la el si l-ar fi intrebat: Ia, zi, mai, calugare, cu noi ce se va intampla?” … O sa muriti intr-o zi de mare sarbatoare, ii raspunse verde-n fata, Arsenie. Continuarea acestei intamplari ar fi fost, sustin unii, ca Ceausescu, enervat, ar fi ordonat otravirea sa.
